El órgano de gobierno de la Fundación Andanatura es su Patronato, que dirige la toma de decisiones y consta en la actualidad de tres integrantes, hallándose en pleno proceso de incorporación de Patronos privados.

  1. Presidencia: Agencia de Medio Ambiente y Agua de Andalucía, representada por D. José Antonio González Corralejo.
  2. Patrono: Consejería de Medio Ambiente y Ordenación del Territorio de la Junta de Andalucía, representada por D. Fernando Manuel Martínez Vidal.
  3. Patrono: Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía, representada por Dña. Inmaculada Parrado Rivera.

Secretaria no Patrono: Dª Rosa Blanco Torres.