El órgano de gobierno de la Fundación Andanatura es su Patronato, que dirige la toma de decisiones y consta en la actualidad de tres integrantes, hallándose en pleno proceso de incorporación de Patronos privados.

  1. Presidencia: Agencia de Medio Ambiente y Agua de Andalucía, representada por D. Víctor del Cuvillo Cano.
  2. Patrono: Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía, representada por Dña. Inmaculada Parrado Rivera.
  3. Patrono: Fundación Ecolec, representada por D. Luis Moreno Jordana.
  4. Patrono: Reciclado de Componentes Electrónicos S.A. (RECILEC), representada por D. Leonardo Díaz Pineda.
  5. Patrono: Fundación Escuela Andaluza de Economía Social, representada por D. José Ariza Reyes.

Secretaria no Patrono: Dª Rosa Blanco Torres.